Busca no Portal NCBI

O NCBI (National Center for Biotechnology Information) é uma base de dados pública criada em 1988. Ela é mantida pelo NIH(National Institutes of Health )
Hoje o NCBI é uma das mais importantes base de pesquisa científica, reunindo trabalhos acadêmicos de todos os países e com artigos em diversas línguas.

Reunindo bases como:
GenBank que reúne todo conhecimento público sobre a sequência de DNA que são enviadas por cientistas de todo o mundo e por grande parte dos centros envolvidos no projeto genoma.

OMIM que é um catalogo que contém milhares de gêneses e trabalhos sobre doenças genéticas e fenotípicas e serve como uma fonte para o Projeto Genoma Humano

PubMed um dos mais famosos e conhecidos banco de dados científico no Brasil oferece acesso a mais de 11 milhões de citações, resumos e indexação termos dos artigos em revistas de ciências biomédicas. Também inclui links para o texto completo revistas. Atualmente, cerca de 20 milhões de pesquisas são realizadas por mês, e como muitos como 140.000 diferentes utilizadores procuram informações diariamente através PubMed.
PubMed Central (PMC), um arquivo digital da revista literatura das ciências da vida, foi lançado em Janeiro de 2001 e oferece um novo modelo de comunicação científica eletrônica e recuperação de dados. O valor do PubMed Central, para além do seu papel como um arquivo, reside em que pode ser feito quando os dados provenientes de diversas fontes são armazenadas em um formato comum, em um único repositório. PMC fornece atualmente livre e irrestrito acesso ao texto integral de 104 revistas das ciências da vida, com mais próxima.

Sobre as bases de dados
Acima apenas estão listadas 4 das mais populares bases de dados, além dessas existem diversas outras. Além dessas são bastante utilizadas às bases de dados de moléculas.

 

Algumas ferramentas

O Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) que é uma ferramente para comparação de genes e proteínas seqüências em relação a outras.

Entrez Gene - informações para um determinado gene e organismo. Quando possível, as informações incluem os resultados de análises que foram feitas sobre a seqüência de dados. A quantidade e o tipo de informações apresentadas dependem daquilo que está disponível para um determinado gene e do organismo e podem incluir: (1) gráfico resumo do contexto genômico, , acompanhamento e genes, (2) link para visualizar um gráfico de sequência do mRNA, o qual, por sua vez, mostra características biológicas tais como o CDS, SNPs, etc (3) links para ontologia genética e fenotípica informação, (4) ligações a proteína correspondente seqüência de dados e áreas conservadas, (5) links relacionados a recursos , tais como a mutação de bases de dados. Entrez Gene é um sucessor para LocusLink.

Modelo Maker - permite que você visualize as provas (mRNAs, ESTs, genes e previsões), que foi alinhada com a seqüência genômica montadas para construir um modelo de genética e de editar o modelo através da selecção ou eliminação putativo exons. Você poderá então visualizar o mRNA seqüência e potencial para o ORFS editado modelo e salve o mRNA seqüência de dados para uso em outros programas. Modelo Maker é acessível a partir de seqüência mapas que foram analisados pelo NCBI e exibido no Mapa Viewer.
ORF Finder - identifica todos os possíveis ORFS em uma seqüência de DNA localizando a norma e alternativas parar e iniciar codons. Os aminoácidos deduzida seqüências pode então ser utilizada para BLAST contra GenBank. ORF finder também está embalado na seqüência apresentação software SEQUIN.

 

Organism recursos específicos - Abelha, gato, galinha, vaca, etc

SAGEmap - oferece uma ferramenta para a realização de testes estatísticos especificamente concebidos para o diferencial do tipo de análises de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) de dados. Os dados incluem bibliotecas SAGE geradas por diferentes laboratórios, bem como aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que tenham sido submetidos a Gene Expression Omnibus (GEO). Expressão gênica perfis que compare a expressão de diferentes SAGE bibliotecas também estão disponíveis no Entrez GEO Profiles páginas. É possível inserir uma seqüência de consulta SAGEmap o recurso para determinar quais etiquetas SAGE estão na seqüência, então associado ao mapa SAGEtag registros e ver a expressão dessas tags em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

Spidey - alinha um ou mais mRNA seqüências genômicas para uma única seqüência. Spidey tentará determinar o exon / intron estrutura, retornando um ou mais modelos da estrutura genômica, incluindo o genoma / mRNA alinhamentos para cada exon.

Splign - é um utilitário para a computação cDNA-a-Genomic alinhamentos baseados em uma variação do algoritmo Needleman-Wünsch Blast combinado com compartimento para detecção e maior desempenho.

VecScreen - uma ferramenta para a identificação de segmentos do ácido nucleico uma seqüência que pode ser do vetor, linker, ou adaptador origem antes da seqüência análise ou apresentação. VecScreen foi desenvolvida para combater o problema da contaminação vetor em público seqüência de bases de dados.

Viral Genotyping Tool - um programa baseado na web que identifica o genótipo (ou subtipo) de recombinantes ou não-sequências nucleotídicas virais recombinantes. Funciona utilizando BLAST para comparar uma seqüência consulta a um conjunto de seqüências de referência para conhecer genótipos. Predefinida referência genótipos existentes para três importantes patógenos virais: vírus da imunodeficiência humana 1 (HIV-1), vírus da hepatite C (VHC) e vírus da hepatite B (HBV), bem como para o poliovírus. Definido pelo usuário referência seqüências podem ser utilizados ao mesmo tempo. A consulta seqüência está dividido em segmentos para comparação com a referência para que o mosaico organização de seqüências recombinante é revelado. Os resultados são apresentados graficamente utilizando codificados por cores genótipos. Portanto, o genótipo (s) de qualquer porção da consulta pode rapidamente ser determinada.

 

Ferramentas - Seqüência de Análise e Proteína Proteomics

O Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) para comparação de genes e proteínas seqüências contra os outros em público bases de dados, agora vem em diversos tipos, incluindo PSI-BLAST, PHI-BLAST e seqüências BLAST 2. Especializadas blastos também estão disponíveis para consumo humano, microbiana, malária e outros genomas, bem como para o vetor de contaminação, imunoglobulinas, e tentativos humanos seqüências consenso.

Blink - ( "BLAST Link") apresenta os resultados de BLAST pesquisas que tem sido feito para cada proteína seqüência no Entrez Proteins dados domínio.

CD Busca - pesquisar o banco de dados com o Domínio conservadas Estornar Posição Específica BLAST.

CDART - quando uma determinada proteína query seqüência, CDART exibe os domínios funcionais que compõem as proteínas e as proteínas com listas semelhantes domínio arquiteturas.
Espectrometria de massa Open Search Algorithm (OMSSA) - O serviço de pesquisa OMSSA permite proteónica investigadores a apresentarem a massa espectros de peptídeos e proteínas para identificação. OMSSA, em seguida, compara esses espectros de massa teórica íons gerados a partir de dados de bibliotecas conhecidas seqüências protéicas e classifica os resultados utilizando um escore derivado do clássico hipótese testes.

TaxPlot - uma ferramenta para o 3-way comparações de genomas, com base nas sequências que codificam proteínas. Para utilizar TaxPlot, um escolhe uma referência ao genoma que dois outros genomas são comparados. Pré-computada BLAST resultados são então usadas para um ponto para cada parcela previsto proteínas no genoma de referência, com base na melhor alinhamento com proteínas em cada um dos dois genomas sendo comparados.

 

Ferramentas - Estruturas

Cn3D - Cn3D é uma aplicação para auxiliar o seu navegador da Web que permite a visualização de estruturas 3-dimensional NCBI Entrez recuperação do serviço. Cn3D roda em Windows, Macintosh e Unix.

GRANDE Pesquisa - A pesquisa é GRANDE NCBI-estrutura semelhança da estrutura serviço de pesquisa. Ela compara coordenadas 3D de uma determinada proteína recém-estrutura para aqueles no MMDB / APO base de dados.
CD Busca - pesquisar o banco de dados com o Domínio conservadas Estornar Posição Específica BLAST.

 

Ferramentas - Genome Analysis

Entrez Genomes - conjunto de genomas de mais de 1000 organismos. O genoma completamente seqüenciado representar tanto organismos e aqueles para os quais seqüenciamento está em andamento. Todos os três principais domínios da vida - bactérias, Archaea, e eukaryota - estão representados, assim como muitos vírus, fagos, viróides, plasmídeos, e organelas .. Entrez Genomes dispõe gráfica súmulas dos genomas completos / cromossomos e a capacidade de explorar regiões de interesse em progressivamente maior detalhe.

CPV - Aglomerados de Orthologous Grupos - um sistema natural do gene famílias de genomas completos. Aglomerados de Orthologous Grupos (CPV) foram delineados comparando seqüências protéicas codificadas em 43 genomas completos, representando 30 principais linhagens filogenéticas. Cada COG consiste em proteínas individuais ou grupos de paralogs de pelo menos 3 linhagens e, assim, corresponde a um antigo conservado domínio.

Mapa Viewer - mostra integrada Visualizações do cromossomo mapas para muitos organismos, incluindo humanos e muitos outros vertebrados, invertebrados, fungos, protozoários e plantas. Mapa Viewer é utilizada para visualizar montados genomas (ou projecto ou completa) e é uma valiosa ferramenta para a identificação e localização dos genes e outras características biológicas. Múltipla mapa mostra estão alinhados com base em nomes gene marcador e, quando disponíveis, e seqüência mapa mostra são baseadas em um sistema de coordenadas comum seqüência. Seqüência de dados de regiões cromossômicas de interesse pode ser descarregado, biológicos anotações podem ser visualizadas em formato gráfico e / ou baixado no formato tabular e modelos gene pode ser manipulado no associados MODELMAKER ferramenta.

SKY / M-FISH & CGH Database - O ICN e NCBI SKY / M-FISH e CGH de Dados é um repositório de dados do apresentado publicamente Cariotipagem Espectral (SKY), Multiplex Fluorescência hibridização in situ (FISH-M), e Hibridação Genômica Comparativa (CGH), que são complementares fluorescentes citogenética molecular técnicas. SKY / M-FISH permite a visualização simultânea de cada cromossoma humano ou do rato em uma cor diferente, facilitando a identificação de aberrações cromossômicas; CGH pode ser usado para gerar um mapa de DNA exemplar número mudanças no tumor genomas. Projeto colaborativo com o National Cancer Instituto. (Dados apresentação instruções ...)

 

Ferramentas - Expressão Gênica

GEO Gene Expression Omnibus - O Gene Expression Omnibus (GEO) oferece diversas ferramentas para ajudar com a visualização e exploração de dados GEO. Os dados podem ser vistos como hierárquica de agrupamentos calor mapas, oferecendo insights sobre as relações entre as amostras e de co-regulamentado genes. Expressão gênica perfis individuais mostrando diferenças significativas entre os subgrupos experimentais podem ser localizados através média subconjunto rank valor comparações. Relacionadas expressão gênica perfis podem ser identificados com base na seqüência similaridade, perfil semelhança, ou homologia. Indicadores de normalização da qualidade de dados são fornecidos como distribuição gráficos, e por sinalizar outliers. Links para outros NCBI seqüência, cartografia e publicação de dados estão previstos recursos, sempre que possível.

SAGEmap - fornece uma ferramenta para a realização de testes estatísticos especificamente concebidos para o diferencial do tipo de análises de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) de dados. Os dados incluem bibliotecas SAGE geradas por diferentes laboratórios, bem como aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que tenham sido submetidos a Gene Expression Omnibus (GEO). Expressão gênica perfis que compare a expressão de diferentes SAGE bibliotecas também estão disponíveis no Entrez GEO Profiles páginas. É possível inserir uma seqüência de consulta SAGEmap o recurso para determinar quais etiquetas SAGE estão na seqüência, então associado ao mapa SAGEtag registros e ver a expressão dessas tags em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

A Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) - tem como objetivo decifrar a anatomia molecular das células cancerosas. CGAP desenvolve perfis de células cancerosas através da comparação de expressão gênica em condições normais, pré e células malignas a partir de uma ampla variedade de tecidos.

UniGene DDD - Digital Differential Display - uma ferramenta online para comparar computadorizada expressão gênica entre os perfis selecionados cDNA bibliotecas. Utilizando um teste estatístico, genes cuja expressão níveis diferem significativamente de um tecido para os próximos são identificados e mostrados para o usuário. Informações adicionais sobre UniGene é superior, incluindo uma lista de organismos representados.

Ferramentas para programadores

Entrez Programação Utilitários - E-Utilities são um conjunto de programas que oferecem uma interface estável para o sistema de recuperação Entrez. A utilização de um determinado URL eUtils sintaxe que traduz um conjunto padrão de parâmetros de entrada em valores necessários para NCBI vários componentes de software pesquisar e recuperar dados a partir de 23 bases Entrez.
Informações Engingeering Branch - IEB é responsável pelo desenvolvimento de recursos e bases de dados NCBI. Seja facultado o acesso à documentação, o acesso a ferramentas de software e bibliotecas NCBI, e anúncios.

 

"Artigo ainda em construção"

 

 

Artigo Traduzido por: Fábio Reis - contato@pfarma.com.br

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